De stichting Agrarisch Erfgoed Nederland kent een algemeen bestuur waarvan de leden alle 16 aangesloten boerderijenstichtingen vertegenwoordigen. Er is tevens een dagelijks bestuur, dat zich in haar werkzaamheden laat bijstaan door meerdere adviseurs.
Leden van het algemeen bestuur
Ate Feenstra, Boerderijenstichting Fryslân
vacature, Boerderijenstichting Groningen
Seerp Ybema, Stichting Drents Agrarisch Erfgoed
Jan Willem van Beusekom, Stichting Twentse Erven
Etha Elink Schuurman, Stichting Maarkels Landschap
Gerard Herder, Stichting Sallands Erfgoed
Hermien de Bruijn, Stichting IJsselhoeven
René Spekschoor, Boerderijenstichting Achterhoek
Piet den Hertog, Boerderijenstichting Utrecht
Anneke Zandt, Boerderijenstichting Noord-Holland
Arie Bassa, Stichting Boerderij en Erf Alblasserwaard-Krimpenerwaard-Vijfheerenlanden
Lyanne de Laat, Boerderijenstichting Zuid-Holland
Willy Spaan, Stichting Landelijk Erfgoed Hoeksche Waard
vacature, Boerderijenstichting Zeeland
Otte Strouken, Stichting de Brabantse Boerderij
Coen Eggen, Boerderijenstichting Limburg
Leden van het dagelijks bestuur
Ton Peters – voorzitter
Ewoud van Arkel – penningmeester
Anna Groentjes – secretaris
Pedro Schamp
Adviseur
Nico Beun
Vaste toehoorder
Marinus van Dintel – Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed
Boerderijenfonds
Gitta op den Akker – directeur
Marieke van Bommel – secretaris